大部分胚停可无任何临床表现，仅在医院复查B超时发现异常;部分患者会出现下腹隐痛、少量阴道流血，部分这个成果为结果是发展成自然流产，也有部分患者出现妊娠反应减轻甚至消失。目前临床工作当中经常会碰到胚胎停育的情况，胚胎为什么会停止发育。常见的原因包括以下几个方面：
第一个方面，最常见的原因就是胚胎的染色体有问题。胚胎的染色体问题有可能是胚胎自己发生，也有可能是来源于父母双方，对于胚胎的染色体出现了问题一般是可以通过检测胚胎来发现，这种原因能够占到胚胎停育原因的百分之五六十以上。
第二个方面，就是有可能存在宫腔内感染，例如风疹病毒，巨细胞病毒等感染会影响胚胎的着床，进而引起胚胎停育。第三个方面，就是孕妇有易栓症，血液处于高凝系统，这种情况下孕囊在着床的时候会形成微小血栓阻碍孕囊的着床，引起胚胎停育。第四个方面，就是体内有一些风湿免疫的抗体，会把胚胎组织当作异物进行免疫攻击，也会引起胚胎停育。引起胎停育的原因有非常多种，可能与胚胎的因素、母亲的因素、父亲的因素和环境的因素都有关系。
却，仍然有50%的胎停育可能找不到原因。在众多的因素当中，最常见的是遗传基因的异常，包括染色体数目和结构的异常，染色体来源于母亲和父亲方。如果有一方遗传基因异常，都会酿成胚胎的停育。在怀孕期间如果准妈妈妈接触了物理和化学等有害物质，也可以直接或间接的损害胎儿造成流产;准妈妈妈大量的饮酒、抽烟、，甚至在孕期染发都有可能对胎儿会有影响;准妈妈妈如果在怀孕期间自身有疾病，子宫的发育异常，再一些慢性的疾患，如未控制的高血压、糖尿病、甲状腺功能异常、多囊卵巢综合征等，这些慢性疾患也可以造成胎停育的发生;自身免疫排斥反应也可以引起胎停育。
引起“胎停”的免疫因素包括：母体排斥、封闭抗体缺乏、抗磷脂抗体综合征以及细胞毒性作用和补体系统活性增加等。黄体功能不全、多囊卵巢综合征、胎盘功能异常、甲状腺疾病、高泌乳素血症以及糖尿病等。在“胎停”中，约50%~60%的妊娠物有染色体异常，部分染色体异常随女性年龄增长而发生率增加。胎停发生的时间越早，胚胎染色体异常的概率就越高。妊娠早期严重的TORCH感染(包括弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、疱疹病毒和其他微生物)可引起“胎停”。
孕期接触放射性物质、有毒的化学制剂、服用孕期禁止服用的药物、高温、微波、噪声、过度受刺激等，都可以促成胚胎的损伤，甚至停止发育。